Als Folge der Weltuntergangsstimmung des ausgehenden Mittelalters errichteten die Herren von Birkenfels zu Lehrberg in der Nähe ihres Bergschlosses eine eigene Kapelle (1430).
Zwei Kirchen dokumentieren von nun an die geteilte Herrschaft Lehrbergs, die bis heute noch an den Hausbauformen entlang der Ortsstrasse erkennbar ist. Die Untertanen der Herren von Birkenfels errichteten ihre Häuser mit der Längsseite zur Strasse, die Untertanen der Bischöfe von Eichstätt mit der Giebelseite zur Strasse.
Nach der Hochblüte der Gemeinde um 1500 begannen ab 1532 mit dem Tod des letzten Ritters von Birkenfels zu Lehrberg die Streitigkeiten um die Patronatsverhältnisse. Erst 1602 konnte der Markgraf Joachim Ernst mit einem Vertrag die kirchlichen Rechte in Lehrberg den Markgrafen zusprechen. Die Rechte der Grundherrschaft blieben jedoch weiterhin geteilt.
Der 30 jährige Krieg (1618 – 1648) sowie die grassierende Pest verursachten viel Leid in Lehrberg.
Ständig durchziehende brandschatzende Heere und Soldatenhaufen dezimierten die Bevölkerung Lehrbergs. 1631 kam Tilly mit seinem Heer nach Lehrberg, vernichtete die Kirchenbücher, entfernte die Glockenseile und zerstörte die Turmuhr. Tilly konnte jedoch seine Absichten im Auftrag des Hochstifts Eichstätt trotzdem nicht durchsetzen.
1643 wurden die letzten Einwohner Lehrbergs, die vor einem Kriegshaufen Schutz hinter den Kirchhofmauern suchten, durch den Verrat des brandenburgischen Vogtes Nies zu einer Lösegeldzahlung von 300 Talern für ihr letztes Vieh gezwungen. Daher entschloss man sich, das Dekanat wieder in die befestigte Stadt Leutershausen zurückzuverlegen.
